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惠州工程职业学院设有电子工程系、信息工程、生物工程系、财政商务系、工业设计系、交通工程系、自动控制工程系、环境工程系、土木工程系、畜牧兽医系等系，以下是具体名单，以供参考，可调整的，以学校最新公告为准。
1、教学机构
电子工程
信息工程
生物工程系
财政商务系
工业设计系
交通工程系
自动控制工程系
环境工程系
土木工程系
化学工程
畜牧兽医系
人文教育系
马克思主义教学部
中等职业部
机电工程
2、惠州工程职业学院简介
惠州工程职业学院（英语：惠州工程职业学院）经广东省人民政府批准，高标准、高起点建立的现代公立高等教育机构。惠州位于粤港澳大湾区和珠江三角洲的中心城市。
2016 年 12 月 27 日，广东省高校设置评估委员会召开全体会议，经过讨论和投票，同意惠州市人民政府设立惠州工程职业学院。