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昌吉职业技术学院顶尖专业是药学、电气自动化技术、关心、机电一体化技术、自动化生产设备应用、电子信息工程技术、机电设备维护与管理、机械制造及其自动化、焊接技术、电力系统自动化技术等，是一个比较不错的专业，以下为具体名单，以供参考，可调整的，请以学校发布的最新信息为准。
1、昌吉职业技术学院热门专业一览
《高等职业教育创新发展行动计划（2015-2018年）》确定的重点专业：药店、电气自动化技术、关心、机电一体化技术
| 专业名称 | 专业特点 |
| 电气自动化技术 | 自治区级特色专业 |
| 自动化生产设备应用 | 学院就业率高、社会声誉好的重点专业 |
| 电子信息工程技术 | 学院就业率高、社会声誉好的重点专业 |
| 机电一体化技术 | 中央财政支持的高等职业院校提升专业服务能力建设专业 |
| 机电设备维修与管理 | 自治区特色专业 |
| 机械制造与自动化 | 自治区首批示范校建设重点 |
| 焊接技术 | 国家高技能人才培训基地重点建设专业 |
| 电力系统自动化技术 | 自治区特色专业 |
| 电力系统自动化技术（清洁能源） | 自治区特色专业 |
| 热能动力设备与应用 | 自治区示范项目建设专业和重点建设专业 |
| 矿山机电 | 自治区涉煤人才紧缺建设专业 |
| 护理 | 自治区精品专业 |
| 助产 | 自治区精品专业 |
| 药学 | 国家首批中等职业教育改革发展示范学校重点建设专业、新疆维吾尔自治区精品专业 |
| 医学检验技术 | 国家首批中等职业教育改革发展示范学校重点建设专业、新疆维吾尔自治区精品专业 |
2、昌吉职业技术学院简介
新疆昌吉职业技术学院是经教育部批准设立的公办全日制普通高等职业院校，学院是新疆首批“示范性高职院校”，是经新疆维吾尔自治区教育厅批准的具有自主招生资格的高职（专科）院校之一。2017年8月，学院入选教育部第二批现代学徒制试点单位。
学院是自治区首批高职院校示范校之一、自治区技术教育联盟首届主席单位、自治区优质高等职业学校建设项目单位，荣获“全国职业教育先进单位”称号、首批国家高技能人才培养基地之一、“全国十佳办学单位”、“中国校园文化建设示范学校100强”、“自治区新疆开发建设证书”、“自治区文明单位”、“自治区职业培训先进单位”、“自治区就业工作先进单位”、“自治区文明单位”、“自治区依法办学示范学校”、“自治区模范职工之家”、“自治区普通高校就业指导工作督导评估优秀单位”、“自治区大学生思想政治教育优秀单位”、“昌吉州先进学校”、“昌吉州民族团结进步先进集体”等一系列荣誉。